近年来对于成人血行性感染的微生物进行了系统的研究。研究表明,在过去20年间,金黄色葡萄球菌和大肠杆菌始终为常见的致病菌。与1975至1977年相比,1992至1993年间的主要变化是凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)作为菌血症致病菌的比例显著增加(表23)。这种葡萄球菌的增加给临床医生造成了很大困难,因为多数CNS(85%)实际上是污染菌而非真正的菌血症。其它重要的变化包括真菌血症、肠球菌血症和AIDS相关性分支杆菌血症相对增加,而厌氧菌菌血症相对减少。
在儿童,引起菌血症和真菌血症的微生物与成人基本类似,但是仍有几点显著区别。厌氧菌菌血症在儿童较成人更为少见。

通常,在没有免疫抑制的菌血症患儿,菌血症的致病菌多为葡萄球菌、链球菌包括肺炎链球菌和脑膜炎球菌;除新生儿外,革兰阴性杆菌较为少见。